食品污染是指食品從原料的種植、生長到收穫、捕撈、屠宰、加工、貯存、運輸、銷售到食用前整個過程的各個環節，都有可能被某些有毒有害物質介入食品而使食品的營養價值和衛生質量降低或對人體產生不同程度的危害。簡言之，有毒有害物質進入正常食品的過程，稱為食品污染。任何有損於食品的安全性和適宜性的生物或化學物質、異物或非故意加入食品中的其他物質均被稱為食品的污染物。
根據污染物的性質，食品污染可分為以下三個方面。
1．生物性污染
食品的生物性污染是指由有害微生物及其毒素、病毒、寄生蟲及其蟲卵、昆蟲及其排泄物等對食品的污染造成的食品安全問題。其中包括微生物、寄生蟲及蟲卵和昆蟲都可造成生物性污染。
1)微生物污染
微生物污染主要有細菌及其毒素，黴菌與黴菌毒素、病毒。
致病菌：包括能引起食物中毒、人畜共患傳染病以及其他以食品為傳播媒介的致病菌。
非致病菌：包括僅能引起食品腐敗變質並可作為食品受到污染標誌的非致病菌。
危害：這些微生物富含分解各種有機物質的酶類，在各種酶的作用下，分解食品中蛋白質、脂肪及碳水化合物產生一系列複雜的變化，可使食物的感官性能改變，營養價值降低，甚至引起嚴重腐敗變質、霉爛，完全失去食用價值。
細菌污染是食品加工、銷售過程中重要污染來源之一，主要來自食品從業人員不潔的手、工具、容器、設備以及不合理的工藝等。
病毒的污染：主要是病毒性肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒和口蹄疫病毒，其他病毒不易在食品上繁殖。
2)寄生蟲及其蟲卵對食品的污染
常見蟲卵有蛔蟲、絛蟲、中華枝睾吸蟲卵及旋毛蟲卵等通過病人病畜的糞便污染水體或土壤後，再污染食品或直接污染食品。
3)昆蟲的污染
昆蟲污染主要有糧食中的甲蟲、蟎類和蛾類以及動物性食品和某些發酵食品中的蠅蛆等。
生物性污染的途徑大致是：
(1)原料污染。食品原料在採集、加工前錶面往往附著細菌，尤其在原料破損之處大量聚集。當進行洗滌、燙漂、煮制、註液等工藝處理時，若使用未達到國家飲用水標準的水，可以引起加工食品的污染，而且不潔凈的水是微生物污染食品的主要途徑及重要污染源。
(2)直接接觸污染。從業人員的手、工作衣、帽，如不經常定期清洗消毒，就會有大量的微生物附著而污染食品；鼠、蠅及蟑螂等一旦接觸加工食品，其體表與消化道內大量微生物會給食品造成污染。
(3)生產車間內外環境污染。空氣中的微生物及其黏附在灰塵上的飛物，均可沉降於食品造成污染。
(4)用具與雜物的污染。如原料包裝物品、運輸工具、加工設備和成品包裝容器及材料等未經消毒就接觸食品，可帶有不同數量的微生物，使食品遭受污染。
2．化學性污染
食品的化學性污染是指由各種有害金屬、非金屬、有機物、無機物對食品的污染而造成的食品安全問題。目前，危害最嚴重的是化學、農藥、獸藥、有害金屬、多環芳烴類如苯並(a)芘、N-亞硝基化合物等污染物。
1)來自生產、生活和環境中的污染物
(1)農藥污染。熏蒸劑、殺蟲劑、除草劑、殺菌劑等農藥。若使用不當或使用過量都會造成食品受到污染或在食品中有一定殘留。
(2)工業“三廢”污染。工業生產排出的廢水、廢氣和廢渣中所含有的各種有毒物質首先會污染水中生物、農作物、牧草等，進而污染各種食品。
(3)獸藥在動物性食品中蓄積。
2)食品添加劑的污染
食品添加劑污染是指不合乎衛生要求的食品添加劑或添加劑使用不當而造成的食品污染。多見於添加劑本身含有的雜質作為有害物質而進入食品。
3)食品容器、器械、工具、包裝材料、運輸工具等的污染質量不合乎衛生要求的食品容器、器械、工具、包裝材料、運輸工具等，其中含有不穩定的有害物質可轉移到酸性食品或油狀食品中。裝過有害化學物質的容器、包裝材料若未經徹底洗刷與消毒處理即存放食品也可造成污染。
4)摻假、制假過程中加入的物質
食品中摻假、制假過程中所加入的物質也會造成食品污染，如在糧食製品中加入“弔白塊”，硫磺熏制饅頭等可造成食品甲醛、SO2的污染。
3．物理性污染
食品的物理性污染是指食品生產加工過程中混入食品中的雜質超過規定的限量，或食品吸附、吸收外來的放射性物質所引起的食品安全問題。這些危害的來源有可能是原材料或包裝材料中的外來物質，也可能是加工過程或工人操作帶人的外來物，或者是設計或維護不好的設施和設備。
(1)來自食品產、貯、運、銷過程的污染物。如糧食收割時混入的草籽、液體食品容器中的雜物、食品運銷過程中的灰塵及蒼蠅等。
(2)食品的摻假、制假。如糧食中摻人的沙石、肉中註入的水、奶粉中摻人大量的糖等。
(3)食品的放射性污染。食品中放射性物質主要來源於宇宙射線和地殼中的放射性物質，即天然本底。而核試驗及和平利用原子能產生的放射性物質即人為的放射性污染，均可污染食品。某些魚類能蓄積重金屬，同樣情況下也蓄積金屬的同位素。目前食品實際污染情況主要以半衰期較長的137銫和80鍶為最嚴重。特別是半衰期長的80鍶多蓄積於骨骼內，影響造血器官，並且不易排出，對人體健康有嚴重危害。某些海底動物如軟體動物特別容易蓄積80鍶。牡蠣能蓄積大量85鋅，某些魚類能蓄積55鐵。